Infanzia e periodo degli studi
Considerato il fondatore dell'anatomia patologica nella sua forma contemporanea, fu definito da Rudolf Virchow il Padre della patologia moderna. "Sua Maestà anatomica", così come era chiamato Morgagni in Europa, nacque a Forlì il 25 febbraio 1682 da Fabrizio Morgagni, illustre per cariche cittadine e da Maria Tornielli. Rimasto orfano del padre a soli 7 anni, venne cresciuto ed istruito dalla madre, che gli insegnò a parlare usualmente e correttamente il latino e che lo fece appassionare alle belle lettere. All'età di 14 anni, Morgagni venne iscritto alla prestigiosa Accademia dei Filergiti di Forlì, in cui studiò non solo latino, ma anche matematica, archeologia e astronomia, dando grande dimostrazione della sua precocità d'apprendimento.

Il 18 novembre 1698, all'età di sedici anni, si iscrisse all'Università di Bologna per studiarvi medicina, specie anatomia, considerata da Morgagni "pietra angolare di tutto l'edificio medico". Ebbe come maestro di anatomia Ippolito Albertini, ma soprattutto ebbe la possibilità di seguire le lezioni di Antonio Maria Valsalva, eminente sperimentalista di fisiologia, nonché figlio scientifico di Marcello Malpighi, tra i primi ad opporsi al fenomeno seicentesco della separazione tra speculazione scientifica e pratica. In effetti Morgagni non è da considerarsi lo scopritore unico del metodo -detto poi morgagnano-, bensì l'esponente principale, che raccolse e sviluppò le fatiche dei suoi maestri diretti e indiretti, Valsalva e Malpighi, per creare quell'edificio monumentale anatomo-patologico che sta alla base della medicina moderna.

Fin dalla prima anatomia pubblica a cui assistette, Morgagni incominciò a registrare in un apposito diario medico-scientifico: "... quanto di interessante gli veniva di leggere, di udire o di osservare di persona ...". A questo metodo di studio e di lavoro Morgagni si mantenne fedele per tutta la vita e ciò gli consentì di raccogliere e classificare nel suo diario dal 1699 fino al 1767 osservazioni cliniche e anatomiche, riscontri autoptici, relazioni di colloqui e di discussioni, riassunti critici di letture con aggiornamenti, confronti e integrazioni anche a distanza di anni (G. Ongaro).

Nonostante fosse stato colpito pochi mesi prima da oftalmia, il 16 luglio 1701 Morgagni si laureò a pieni voti in filosofia e medicina, dopo essersi guadagnato l'attenzione dei suoi insegnanti per la sua memoria eccezionale e il giudizio acuto.

Praticantato e periodo bolognese
Dopo la laurea divenne allievo e assistente di Valsalva, all'ospedale di S. Maria della Morte, coadiuvandolo non solo nell'attività settoria e didattica ma anche nella compilazione di una delle più importanti opere del Valsalva, il De aure humano tractatus; esperienza che accrebbe notevolmente la sua conoscenza anatomica e patologica. Intanto iniziarono ad arrivare per Morgagni i primi riconoscimenti, come ad esempio l'incarico di Presidente che nel 1704, a soli 22 anni, ricevette dall'Accademia degli Inquieti, di cui era entrato a far parte cinque anni prima. Sul modello dell'Accademia delle scienze francese, Morgagni plasmò l'istituzione, dove applicò i principi con cui Malpighi aveva contribuito a far sorgere l'Accademia del Cimento: si passò dalle dispute teoriche alle consultazioni e agli esercizi d'indagine. Quasi a dimostrazione dello sperimentalismo verso cui aveva indirizzato l'indagine scientifica dell'Accademia, Morgagni vi lesse nel 1705 il primo volume dei suoi saggi anatomici, Adversaria anatomica, che furono stampati per la prima volta nel 1706 e che all'età di soli 24 anni gli diedero un'immediata fama mondiale come anatomista.

Nonostante ciò, il 1º gennaio 1707 Morgagni fu costretto a lasciare Bologna, dopo i contrasti con l'influente Giovanni Girolamo Sbaraglia; così decise di trasferirsi a Venezia, attratto non solo dalla libertà che la Repubblica di Venezia offriva ai suoi insegnanti universitari ma anche dalla disponibilità di libri rari, che si potevano trovare nella città lagunare. Qui Morgagni entrò in contatto con diversi uomini dotti, quali il chimico Giangirolamo Zanichelli, col quale lavorò nell'illustre Farmacia di Santa Fosca e l'anatomista Giandomenico Santorini, con cui coltivò gli studi di anatomia comparata. Durante il soggiorno veneziano si recò spesso a Padova, facente parte a quel tempo della Signoria veneziana, per seguire lezioni, avviare contatti e farsi conoscere dall'ambiente accademico. Nel maggio 1709 tornò a Forlì, dove esercitò come medico pratico, ottenendo subito consenso; nonostante ciò la sua vocazione rimaneva l'anatomia e la sua speranza quella di ottenere la cattedra all'Accademia di Padova, ammirata da Morgagni per il suo passato prestigioso.

            
Cattedra di Padova e matrimonio
Nel 1711 il desiderio di Morgagni venne esaudito: venne chiamato alla seconda Cattedra di medicina teorica dell'Università degli Studi di Padova lasciata libera da Antonio Vallisneri, dopo che quest'ultimo ebbe ottenuto la prima Cattedra dopo la morte di Domenico Guglielmini. Numerose sono le testimonianze epistolari dell'impegno profuso da Giovanni Maria Lancisi, archiatra del Papa, per far ottenere la Cattedra al suo amico; ma le informazioni decisive che spinsero i Riformatori a concedere la Cattedra al Morgagni vennero da Lorenzo Tiepolo: nella presentazione di Morgagni da parte del Tiepolo, che espone in brevi ma chiare linee la formazione morgagnana, viene messa in risalto non solo l'intelligenza del forlivese, ma anche l'incontaminata morale ed onestà dei costumi.

L'8 ottobre 1711 Morgagni ottenne l'incarico, ma tenne la sua prima lezione solamente il 17 marzo 1712: durante l'orazione inaugurale riuscì subito a trasmettere, con il suo latino forbito, l'interesse per la medicina e ancor di più per la verità: nell'esposizione del programma degli studi medici, infatti, Morgagni affermò che non si potesse decidere della natura di una malattia senza la corrispondente sezione del cadavere, sottolineando così come la sua visione del medico non potesse prescindere dagli studi anatomici.

Nel frattempo Morgagni aveva deciso di sposare una sua concittadina di nobili origini, Paola Vergeri: nonostante provenisse da famiglia agiata, Morgagni non vantava alcun titolo nobiliare necessario per prenderla in sposa, così che fu costretto a rivolgersi al Lancisi. Quest'ultimo riuscì a fargli concedere da Sua Santità, il 12 giugno 1712, la cittadinanza e la nobiltà romana, che permisero a Morgagni di sposare Paola Vergeri il 22 settembre 1712. Ebbero 15 figli, tre maschi, di cui uno morto giovane, Agostino, che divenne gesuita e Fabrizio, che ebbe due figlie, e dodici femmine, di cui quattro morte in tenera età e otto monache. Vi è in realtà una seconda versione sul numero dei figli di Morgagni, presentata da Massimo Chiadini: in un carteggio morgagnano mostrato durante la terza seduta del I Congresso Nazionale della Società Italiana di Storia della Medicina si parla di tre figli e sette figlie: un maschio e cinque femmine morti in tenera età; inoltre i due maschi sopravvissuti si chiamavano Valeriano e Luigi Giovan Battista.

Intanto, in ambito professionale, Morgagni iniziò ad ottenere importanti riconoscimenti: nonostante non si fosse mai attenuto alla stretta osservanza dei programmi, ritenuti allora immutabili e perfetti, i riformatori veneti videro come l'efficace insegnamento morgagnano stesse rialzando le sorti dello studio della medicina, così che il 5 ottobre 1715 il Senato dell'Accademia padovana offrì al Morgagni la cattedra di anatomia, rimasta vacante dopo la morte del professore Michele Angelo Molinetto. Morgagni tenne la sua prima lezione di anatomia il 21 gennaio 1716: dal suo discorso si colse la grande commozione per quel posto tanto desiderato e occupato da illustrissimi predecessori, quali ad esempio Andrea Vesalio, Gabriele Falloppio, Girolamo Fabrici. Dopo aver sottolineato come bisognasse giudicare gli antichi alla misura dei loro tempi e non del presente, Morgagni pose l'accento sull'indispensabilità di ogni parte degli studi anatomici per conoscere la natura del corpo, intesa non come costituzione complessiva bensì come struttura di ogni organo: natura del corpo, che rappresenta il principio del discorso nell'arte medica.

A poco più di trent'anni era considerato il maggiore anatomista del tempo e la sua fama crebbe con gli anni: innumerevoli le proposte di lavoro che ricevette dalla città natale ed anche da parte di Herman Boerhaave per andare a insegnare a Leida. Le proposte di lavoro fioccavano come le onorificenze: nel 1718 divenne Preside dello studio di Padova; nel 1724 fu fatto socio del R. Istituto di Londra e nel 1731 dell'Accademia delle Scienze di Parigi, nel 1735 dell'Imperiale di Pietroburgo e nel 1754 dell'Accademia Reale di Berlino.

Periodo della maturità e morte
Nel 1761 Morgagni pubblicò il suo massimo contributo alla medicina, De sedibus et causis morborum per anatomen indagatis: la grande opera del forlivese stabilì una volta per sempre la correlazione tra osservazione anatomica e pratica clinica, spostando l'accento dallo studio della natura della malattia a quello della sede della malattia.

Il 2 settembre 1770 venne a mancare la moglie di Morgagni, mentre "Sua Maestà Anatomica" morì a causa di un colpo apoplettico la sera di giovedì 5 dicembre 1771, al numero 2 di via San Massimo, a Padova. Fu sepolto nella vicina Chiesa di San Massimo.
Nel 1773, i 5.000 volumi della Sua biblioteca furono acquistati dalla Biblioteca universitaria di Padova dove si trovano tutt'oggi.

Anatomicorum Princeps
Morgagni fu uno scienziato moderno, che nella sua attività di ricerca usò sistematicamente il metodo sperimentale, utilizzato poi da alcuni suoi allievi, tra cui Andrea Pasta, che diffusero il metodo morgagnano in tutto il mondo scientifico. Oltre che uomo di scienza fu anche un abilissimo e ricercato clinico medico; personalità eclettica e di vasta cultura umanistica fu anche latinista, archeologo, botanico e storico.

Fra i suoi ammiratori, si segnala il medico Camillo Versari, che ci ha lasciato Sei discorsi consacrati alla vita, alle opere, all'elogio di Giovan Battista Morgagni e che nel 1873 ha donato alla città di Forlì il monumento a Morgagni.
I libri della sua biblioteca sono conservati presso la Biblioteca universitaria di Padova